Formation Continue 2013

Short Courses in Chemoinformatics

from 13th May 2013 to 19th May 2013

Université de Strasbourg, Faculté de Chimie, Strasbourg, FRANCE

Reference: CBT09-0684A

Duration

5 days, 13-19 May 2013

For whom?

Chemists (Bachelor’s degree or better), technicians having experience in database management, modelisation software, willing to broaden their skills. Chemoinformatics is a new scientific area appeared a few years ago. It relates to (i) storage, management and search of chemical data (databases), (ii) the development of predictive models connecting the chemical structure of molecules with their physicochemical and biological properties, and, (iii) design in silico of new compounds having desired properties. The chemoinformatics approaches are very much used in phamaceutical companies to carry out a virtual screening, to optimize a lead, for predictions of ADME/Tox properties.

Requirements

Basic informatics skills.

Language

Lectures will be delivered in English or in French depending on the audience.

Location

Université de Strasbourg

Faculté de Chimie

1, rue Blaise Pascal

67070 STRASBOURG

The courses will take place in the computer class, equipped 21 PC double-boot Windows/LINUX, 4 work stations SGI, a printer and a video projector.

Program

• Computer representation of chemical structures and electronic exchange formats
• Database management systems in chemistry.
• Descriptors, pharmacophores, chemical space
• Similarity, diversity, clustering: design and analyzes of chemical libraries.
• SAR classification models (Decision trees, SVM, Networks of Neurons) and QSAR regression models (MLR, PLS).
• Validation and applicability domains of QSAR models.
• Docking. Virtual screening, hit selection. Lead optimization.

Softwares used in the lectures

ChemAxon, ISIDA, WEKA, MOE, LigandScout, FlexX.

Registration fees

1.810 €

These fees include teaching and lunch

Informations and registration

DEPULP

Sandra GRISINELLI

Tel. 03 68 85 49 98

Except on Wednesday

Fax : 03 68 85 49 29

Director

Alexandre Varnek, Professor at Strasbourg University.

e-mail : varnek@unistra.fr

Initiation à la Chemoinformatique

du 13 Mai 2013 au 17 Mai 2013

Université de Strasbourg, Faculté de Chimie, Strasbourg, FRANCE

Référence: CBT09-0684A

Présentation

Durée: 5 jours

Calendrier: du 13 Mai 2013 à 9h au 17 Mai 2013 à 16 h

Personnes concernées

Chimistes (Bac+3 ou plus), techniciens supérieurs (DUT) ayant une expérience en gestion des bases de données, logiciels de modélisation, souhaitant élargir leur domaine de compétence. La Chemoinformatique est un nouveau domaine apparu il y a quelques années. Il concerne (i) le stockage, la gestion et la recherche de données chimiques (bases de données), (ii) le développement de modèles prédictifs reliant la structure chimique de molécules avec leurs propriétés physico-chimiques et biologiques, et, (iii) le design in silico de nouveaux composés possédant les propriétés désirées. Les approches Chemoinformatique sont trés utilisées dans l’industrie pharmaceutique pour effectuer un criblage virtuel, optimiser un lead ainsi que pour des prédictions de propriétés ADME/Tox.

Pré-requis

Connaissance de base en informatique.

Langue

Les cours seront délivrés en Anglais ou Français en fonction de l’audience.

Lieu

Université de Strasbourg

Faculté de Chimie

1, rue Blaise Pascal

67070 STRASBOURG

L’enseignement se déroulera au sein de la Faculté de Chimie, dans une salle réservée à cette formation, équipée de 21 PC en double boot Windows/LINUX, de 4 stations de travail SGI, d’une imprimante et d’un vidéo projecteur.

Programme

• Représentation de structures chimiques par ordinateur et formats électroniques d’échange
• Systèmes de gestion des bases de données en chimie.
• Descripteurs, pharmacophores, espace chimique
• Similarité, diversité, clustering : conception et analyse de chimiothéque.
• Modèles QSAR de classification (Arbres de Décision, SVM, Réseaux de Neurones) et de régression (MLR, PLS)
• Validation et domaine d’applicabilité des modèles QSAR
• Docking. Criblage virtuel, sélection des hits. Optimisation d’un lead.

Logiciels utilisés dans les cours

ChemAxon, ISIDA, WEKA, MOE, LigandScout, FlexX.

Frais de participation

1.810 €

Cette participation inclu l’enseignement et les repas de midi

Renseignements et inscriptions

DEPULP

Sandra GRISINELLI

Tél. 03 68 85 49 98

Sauf le mercredi

Fax : 03 68 85 49 29

s.grisinelli@unistra.fr

Responsable scientifique

Alexandre Varnek, Professeur à la Faculté de Chimie.

Courriel : varnek@unistra.fr