Former Students and Collaborators


    Dr. Grace DELOUIS

    Research project : Développement des approches d’apprentissage transductif et leur utilisation pour la prédiction de propriétés physiques et biologiques.

    E-mail : gdelouis@unistra.fr

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Pavel SIDOROV

    Research project : Analysis of chemical space of antimalarial compounds

    E-mail : pavel.sidorov@unistra.fr

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Shilva KAYASTHA

    Research project : Chemical space visualization

    E-mail :

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Kyrylo KLIMENKO

    Research project : Computer-aided design of antiviral compounds

    E-mail : alhimikir@gmail.com

    Curriculum Vitae

    Publications :
    - K. Klimenko, G. Marcou, D. Horvath and A. Varnek
    Chemical space mapping and structure-activity analysis of the ChEMBL antiviral compound set. J. Chem. Inf. Model., 2016, 56, 1438-1454


    Gleb SITNIKOV

    Research subject : Induction transfer methods, molecular fields kernels

    E-mail : jsg08sun@yandex.ru

    Curriculum Vitae :


    Dr. Héléna Alexandra GASPAR

    Research subject : Chemical space visualisation.

    E-mail : h.gaspar@unistra.fr or hagaspar@yahoo.fr

    Curriculum Vitae :
    LinkedIn

    Publications :
    - KIREEVA, N., BASKIN, I. I., GASPAR, H. A., et al. Generative Topographic
    Mapping (GTM) : Universal Tool for Data Visualization, Structure‐Activity
    Modeling and Dataset Comparison. Molecular Informatics, 2012, vol. 31, no 3‐4,
    p. 301-312.
    - GASPAR, Héléna A., MARCOU, Gilles, HORVATH, Dragos, et al. Generative
    Topographic Mapping-Based Classification Models and Their Applicability Domain :
    Application to the Biopharmaceutics Drug Disposition Classification System
    (BDDCS). Journal of chemical information and modeling, 2013, vol. 53, no 12, p.
    3318-3325.
    - CHUPAKHIN, Vladimir, MARCOU, Gilles, GASPAR, Helena, et al. Simple
    Ligand–Receptor Interaction Descriptor (SILIRID) for alignment-free binding site
    comparison. Computational and structural biotechnology journal, 2014, vol. 10,
    no 16, p. 33-37.


    Dr. Fiorella RUGGIU

    Thesis subject : Property-enriched fragment descriptors for adaptive QSAR.

    E-mail : ruggiu.fiorella@gmail.com

    Curriculum Vitae :

    PDF - 72.4 ko

    Publications :
    - RUGGIU, Fiorella, MARCOU, Gilles, VARNEK, Alexandre, et al. ISIDA Property‐Labelled Fragment Descriptors. Molecular Informatics, 2010, vol. 29, no 12, p. 855-868.
    - RUGGIU, Fiorella, SOLOV’EV, Vitaly, MARCOU, Gilles, et al. Individual Hydrogen‐Bond Strength QSPR Modelling with ISIDA Local Descriptors : a Step Towards Polyfunctional Molecules. Molecular Informatics, 2014, vol. 33, no 6‐7, p. 477-487.
    - RUGGIU, Fiorella, GIZZI, Patrick, GALZI, Jean-Luc, et al. Quantitative structure–property relationship modeling : a valuable support in high-throughput screening quality control. Analytical chemistry, 2014, vol. 86, no 5, p. 2510-2520.


    Dr. Tetiana KHRISTOVA

    Thesis subject : Computer-aided design of novel antithrombotic agents.

    Curriculum Vitae : LinkedIn

    Publications :
    - THESIS : http://www.theses.fr/en/2013STRAF042
    - Krysko, A. A., Samoylenko, G. V., Polishchuk, P. G., Andronati, S. A., Kabanova, T. A., Khristova, T. M., ... & Grygorash, R. Y. (2011). RGD mimetics containing phthalimidine fragment as novel ligands of fibrinogen receptor. Bioorganic & medicinal chemistry letters, 21(19), 5971-5974.
    - Krysko, A. A., Samoylenko, G. V., Polishchuk, P. G., Fonari, M. S., Kravtsov, V. C., Andronati, S. A., ... & Varnek, A. A. (2013). Synthesis, biological evaluation, X-ray molecular structure and molecular docking studies of RGD mimetics containing 6-amino-2, 3-dihydroisoindolin-1-one fragment as ligands of integrin α< sub> IIb β< sub> 3. Bioorganic & medicinal chemistry, 21(15), 4646-4661.


    Dr. Christophe MULLER

    Thesis subject : Structure-Activity Relationships for metabolism and toxicity.

    Themes of research : QSAR, toxicity.

    Curriculum Vitae : LinkedIn

    Publications :
    - THESIS : http://www.theses.fr/en/2013STRAF004
    - Sushko I., Novotarskyi S., Körner R., Pandey A.K., Cherkasov A., Li J., Gramatica P., Hansen K., Schroeter T., Müller K.R., Xi L., Liu H., Yao X., Öberg T., Hormozdiari F., Dao P., Sahinalp C., Todeschini R., Polishchuk P., Artemenko A., Kuz’min V., Martin T.M., Young D.M., Fourches D., Muratov E., Tropsha A., Baskin I., Horvath D., Marcou G., Muller C., Varnek A., Prokopenko V.V., Tetko I.V., Applicability Domains for Classification Problems : Benchmarking of Distance to Models for Ames Mutagenicity Set. J. Chem. Inf. Model., 2010. 50(12) : p. 2094-2111.
    - Muller C., Marcou G., Aires-de-Sousa J., Varnek A., Identification of incorrect atomic mapping of reactions from automatic software using condensed graph of reactions. J. Chem. Inf. Model., 2012, 52(12), p. 3116–3122
    - Muller C., Pekthong D., Desbans C., Alexandre E., Marcou G., Richert L. and Varnek A., Prediction of Drug-Induced Liver Injury in human. (en préparation)


    Dr. Laurent HOFFER

    Thesis subject : Développement et validation du logiciel S4MPLE : application au docking moléculaire et à l’optimisation de fragments assistée par ordinateur dans le cadre du fragment-based drug design.

    Themes of research : Fragment-based drug design.

    Curriculum Vitae : LinkedIn

    Publications :
    - THESIS : http://www.theses.fr/en/2013STRAF020
    - HOFFER, L., CHIRA, C., MARCOU, G., et al. S4MPLE-sampler for multiple protein-ligand entities : methodology & rigid-site docking benchmarking. Journal of Cheminformatics, 2013.
    - HOFFER, Laurent et HORVATH, Dragos. S4MPLE–Sampler For Multiple Protein–Ligand Entities : Simultaneous Docking of Several Entities. Journal of chemical information and modeling, 2012, vol. 53, no 1, p. 88-102.
    - HOFFER, Laurent, RENAUD, Jean-Paul, et HORVATH, Dragos. In silico Fragment-Based Drug Discovery : setup and validation of a fragment-to-lead computational protocol using S4MPLE. Journal of chemical information and modeling, 2013, vol. 53, no 4, p. 836-851.


    Dr. Ioana OPRISIU

    Thesis subject : Modélisation QSPR de mélanges binaires non-additifs. Application au comportement azéotropique.

    E-mail : ioprisiu@gmail.com

    Themes of research : QSPR mixtures

    Curriculum Vitae : Curriculum Vitae

    Publications :
    - THESIS : http://www.theses.fr/en/2012STRAF059
    - SOLOV’EV, Vitaly P., OPRISIU, Ioana, MARCOU, Gilles, et al. Quantitative structure–property relationship (QSPR) modeling of normal boiling point temperature and composition of binary azeotropes. Industrial & Engineering Chemistry Research, 2011, vol. 50, no 24, p. 14162-14167.
    - OPRISIU, I., VARLAMOVA, E., MURATOV, E., et al. QSPR Approach to Predict Nonadditive Properties of Mixtures. Application to Bubble Point Temperatures of Binary Mixtures of Liquids. Molecular Informatics, 2012, vol. 31, no 6‐7, p. 491-502.
    - OPRISIU, Ioana, MARCOU, Gilles, HORVATH, Dragos, et al. Publicly available models to predict normal boiling point of organic compounds. Thermochimica Acta, 2013, vol. 553, p. 60-67.
    - OPRISIU, Ioana, NOVOTARSKYI, Sergii, et TETKO, Igor V. Modeling of non-additive mixture properties using the Online CHEmical database and Modeling environment (OCHEM). J. Cheminformatics, 2013, vol. 5, p. 4.


    Evgeniy KONDRATOVICH

    Themes of research : 

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Sebastien CONILLEAU

    E-mail : sconilleau@gmail.com

    Themes of research :

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Cedric GAUDIN

    E-mail : cedric.gaudin2@ulp.u-strasbg.fr

    Themes of research :

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Thomas FLEURENTDIDIER

    E-mail : fleurent@quantix.u-strasbg.fr

    Themes of research :

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Denis FOURCHES

    Thesis subject : Modeles multiples en QSAR/QSPR : developpement de nouvelles approches et leurs applications au desing in silico de nouveaux extractants de métaux, aux propriétés ADME/Tox ainsi qu’à différentes activités biologiques de molécules organiques.

    E-mail : denis.fourches@ulp.u-strasbg.fr

    Themes of research : ISIDA Cluster, ISIDA LogPS, ISIDA kNN

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Frank HOONAKKER

    E-mail : fh@novalyst.com

    Themes of research : ISIDA Reac

    Curriculum Vitae :

    NOVALYST DISCOVERY

    Publications :


    Dr. Natalia KIREEVA

    E-mail : nvkireeva@mail.ru

    Themes of research :

    Curriculum Vitae :

    Publications


    Dr. Vladimir Chupakhin

    E-mail : chupvl@gmail.com

    Themes of research :

    Curriculum Vitae :

    Publications :


    Dr. Aurélie DE LUCA

    Research subject : Graphes condensés de réactions, gestion des réactions
    multiples, exploration des descripteurs et application à la modélisation du
    rendement.

    E-mail : aurelie.de-luca@unistra.fr

    Curriculum Vitae :
    LinkedIn

    Publications :
    - DE LUCA, Aurélie, HORVATH, Dragos, MARCOU, Gilles, et al. Mining chemical
    reactions using neighborhood behavior and condensed graphs of reactions
    approaches. Journal of chemical information and modeling, 2012, vol. 52, no 9,
    p. 2325-2338.