Formation Continue

Formation Continue - Initiation à la Chémoinformatique : Structure 3D et Criblage virtuel

Initiation à la Chémoinformatique

Généralités

Catalogue de formation, page 25.

Dates : 18 et 19 Mai 2017.

Code : 1180 Référence : SGI17-0302

Renseignements et inscriptions :

Sandra GRISINELLI

Tél. : 03 68 85 49 98 (Sauf le mercredi)

Fax : 03 68 85 49 29

s.grisinelli unistra.fr

Frais de participation :

825 euros Repas de midi pris en charge par les organisateurs.

Personnes concernées

Chimistes (Bac 3 ou plus), techniciens supérieurs (DUT) ayant une expérience en gestion des bases de données, logiciels de modélisation, souhaitant élargir leur domaine de compétence.


Objectifs

La Chémoinformatique fait amplement usage de modèles pour prédire l’activité biologique d’une molécule à partir des interactions non covalentes qu’elle établit avec sa cible protéique spécifique. Toutefois, ces modèles sont simplifiés afin de traiter de très grands nombres d’hypothèses. Ceci se traduit par l’utilisation du concept de pharmacophore et celui de score pour les logiciels de docking. Ces approches sont d’intérêt dans l’industrie pharmaceutique pour la recherche de touches par criblage virtuel de chimiothèques ou pour optimiser une tête de série.


Pré-requis

Connaissances de base en informatique.


Programme

La structure 3D des molécules : Lecture de complexes entre une molécule bioactive et sa protéine cible ou comment rationaliser le lien entre similarité moléculaire et similarité d’activité ; Recherche dans les bases de données structurales (ProteinDataBank, Cambridge Structure Databank) ; Flexibilité moléculaire et échantillonnage conformationnel.

Pharmacophore : identification dans une série de molécules actives des déterminants moléculaires pour la liaison à la protéine cible.

Docking : prédiction de la géométrie d’une molécule active dans le site de liaison de sa protéine cible.

Criblage virtuel d’une chimiothèque par les approches pharmacophore et docking : importance des scores et du traitement chémoinformatique des données. Bilan et discussion, ouverture sur d’autres méthodes (comparaison de forme, comparaison de sites de protéines, prédiction de droguabilité ).


Méthodes pédagogiques

L’enseignement se déroulera au sein de la Faculté de Chimie, dans une salle réservée à cette formation, équipée de 21 PC LINUX, d’une imprimante et d’un vidéo projecteur.

Les cours seront délivrés en Anglais et Français.

Logiciels utilisés dans les cours : Logiciels commerciaux (Benchware3DExplorer, MOE, ROCS, FlexX, Gold, LigandScout. Liste non contractuelle sous réserve de modifications).


Nature et sanction de la formation

Cette formation constitue une action d’adaptation et de développement des compétences. Elle donne lieu à la délivrance d’une attestation de participation.
Une évaluation en fin de formation permet de mesurer la satisfaction des stagiaires ainsi que l’atteinte des objectifs de formation (connaissances, compétences, adhésion, confiance) selon les niveaux 1 et 2 du modèle d’évaluation de l’efficacité des formations Kirkpatrick.


Intervenants

  • Esther Kellenberger, Professeur à l’Université de Strasbourg.
  • Gilles Marcou, Maître de Conférences à l’Université de Strasbourg.
  • Dragos Horvath, Directeur de Recherche au CNRS.

Responsable scientifique

M. Gilles MARCOU, Maître de Conférences, Faculté de Chimie.

Courriel : g.marcou unistra.fr