Initiation à la Chemoinformatique
du 13 Mai 2013 au 17 Mai 2013
Université de Strasbourg, Faculté de Chimie, Strasbourg, FRANCE
Référence: CBT09-0684A
Présentation
Durée: 5 jours
Calendrier: du 13 Mai 2013 à 9h au 17 Mai 2013 à 16 h
Personnes concernées
Chimistes (Bac+3 ou plus), techniciens supérieurs (DUT) ayant une expérience en gestion des bases de données, logiciels de modélisation, souhaitant élargir leur domaine de compétence. La Chemoinformatique est un nouveau domaine apparu il y a quelques années. Il concerne (i) le stockage, la gestion et la recherche de données chimiques (bases de données), (ii) le développement de modèles prédictifs reliant la structure chimique de molécules avec leurs propriétés physico-chimiques et biologiques, et, (iii) le design in silico de nouveaux composés possédant les propriétés désirées. Les approches Chemoinformatique sont trés utilisées dans l’industrie pharmaceutique pour effectuer un criblage virtuel, optimiser un lead ainsi que pour des prédictions de propriétés ADME/Tox.
Pré-requis
Connaissance de base en informatique.
Langue
Les cours seront délivrés en Anglais ou Français en fonction de l’audience.
Lieu
Université de Strasbourg
Faculté de Chimie
1, rue Blaise Pascal
67070 STRASBOURG
L’enseignement se déroulera au sein de la Faculté de Chimie, dans une salle réservée à cette formation, équipée de 21 PC en double boot Windows/LINUX, de 4 stations de travail SGI, d’une imprimante et d’un vidéo projecteur.
Programme
- Représentation de structures chimiques par ordinateur et formats électroniques d’échange
- Systèmes de gestion des bases de données en chimie.
- Descripteurs, pharmacophores, espace chimique
- Similarité, diversité, clustering : conception et analyse de chimiothéque.
- Modèles QSAR de classification (Arbres de Décision, SVM, Réseaux de Neurones) et de régression (MLR, PLS)
- Validation et domaine d’applicabilité des modèles QSAR
- Docking. Criblage virtuel, sélection des hits. Optimisation d’un lead.
Logiciels utilisés dans les cours
ChemAxon, ISIDA, WEKA, MOE, LigandScout, FlexX.
Frais de participation
1.810 €
Cette participation inclu l’enseignement et les repas de midi
Renseignements et inscriptions
DEPULP
Sandra GRISINELLI
Tél. 03 68 85 49 98
Sauf le mercredi
Fax : 03 68 85 49 29
s.grisinelli@unistra.fr
Responsable scientifique
Alexandre Varnek, Professeur à la Faculté de Chimie.
Courriel : varnek@unistra.fr