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Le GDR Chémoinformatique

Etat de l’art et contexte international

La Chémoinformatique est au carrefour de multiples disciplines en chimie, biologie, physique et informatique. Ses deux applications principales sont l’organisation et la recherche de l’information chimique (bases de données) et l’identification de relations entre structures chimiques et propriétés. Son usage est extrêmement développé pour le criblage virtuel visant à la découverte de molécules à visée thérapeutique, la validation et la valorisation des cibles biologiques, et l’anticipation des risques de toxicité et écotoxicité. Les méthodes utilisées en Chémoinformatique dépassent largement le cadre de la seule chimie médicinale. Les prédictions de propriétés chimiques et physiques de composés sont largement utilisées en chimie. On peut citer comme exemple les calculs théoriques d’une vingtaine de propriétés pour chaque composé répertorié dans SciFinder. Les méthodes de la Chémoinformatique sont aussi recommandées comme une alternative aux mesures expérimentales de certaines propriétés évoquées dans le règlement REACH.

En tant que domaine dédié à la modélisation, la Chémoinformatique constitue elle-même une discipline complémentaire à la chimie quantique et aux simulations moléculaires par champs de forces. Ces champs d’investigation sont en évolutions rapides, depuis des investigations théoriques (ex : algorithmique, biostatistique, docking, thermodynamique des interactions…) jusqu’aux applications industrielles (ex : utilisation du criblage in silico sur une cible thérapeutique pour la recherche de touches). Ces approches complètent efficacement les criblages expérimentaux. La Chémoinformatique est extrêmement présente et active dans le monde industriel – principalement dans les sociétés pharmaceutiques et les « start-up » biotechnologiques gravitant autour.

Depuis quelques années, en parallèle à d’autres pays européens comme l’Allemagne et l’Angleterre, les équipes du domaine essayent de se concerter et de se fédérer. Leurs actions se sont concrétisées par l’organisation de plusieurs manifestations et par la création en 2007 de la Société Française de Chémoinformatique (SFCi) (Site web). Cette société regroupe actuellement environ cent vingt membres également partagés entre le monde académique et le monde industriel.

Une des caractéristiques de la Chémoinformatique (que ce soit pour les équipes françaises ou étrangères) est la petite taille de la grande majorité de ces équipes qui sont souvent une composante mineure d’unités de recherche beaucoup plus grosses. Ceci n’est pas favorable à une dynamique scientifique d’excellence.

La création d’un GDR en Chémoinformatique représente une nouvelle étape du développement de ce domaine en France car il permettra de coordonner et renforcer des efforts de recherche de ses participants et compensera en grande partie leur isolement.

Enfin ce projet s’inscrit dans un ensemble plus vaste qui est la mise en place, avec la Chimiothèque Nationale et un réseau de plateformes de criblage, du projet de TGI-TGE « Chemical Biology ». Ce dernier vise à découvrir de petites molécules utiles pour comprendre les bases moléculaires du Vivant et à développer de nouveaux précurseurs de médicaments. Au niveau européen, le projet « Chemical Biology », intègre la phase préparatoire du programme ESFRI (Roadmap 2008) sous le label EU-OPENSCREEN. Le GDR Chémoinformatique aura vocation à développer des méthodes et des stratégies de traitement des données de criblage provenant des équipes expérimentales participants au projet « Chemical Biology ».