Formation Continue: Initiation à la Chemoinformatique

du 17 Mai 2010 au 21 Mai 2010

Université de Strasbourg, Faculté de Chimie, Strasbourg, FRANCE

Référence: CBT09-0684A

Programme

Jour 1

Matin

Survol historique

Représentation informatique des structures chimiques

Logiciels: ChemAxon Marwin

Contenu: Représentations 1D, 2D, 3D et 4D des structures. Matrices d'adjacence et de distance, tables de connectivités. Notations linéaires SMILES, SMARTS, INChI, formats d'échange MOL, RXN, SDF and RDF, PDB. Bitsctrings: clefs structurelles et empreintes, collision de bits.

Après-midi

Création et gestion de bases de donées chimiques

Logiciels: Chemaxon InstantJchem, MOE

Contenu: Présentation des bases de données publiques les plus importantes, création d'une base de données chimique depuis le début, manipulations des données (recherche, importer/exporter), nettoyage des données, fusion de données.

Jour 2

matin

Descripteurs

Logiciels: MOE, CODESSA PRO

Contenu: Generalités, descripteurs moléculaires, notions de descripteurs 0D, 1D, 2D, 3D et 4D, présentation détaillée de quelques descripteurs fréquemment utilisés.

Après-midi

Echantillonage Conformationel

Logiciel: MOE

Contenu: Approche par champs de force, surface d'énergie potentielle, approches systématiques et stochastiques de l'échantillonage conformationel.

Jour 3

matin

Pharmacophores

Logiciels: MOE, LigandScout

Contenu: Interactions Intermoléculaires et notion de pharmacophore, pharmacophores 2D et 3D, édition de pharmacophores, concordance structure-pharmacophore, élucidation de pharmacophore, génération d'hypothèses.

Après-midi

Espace Chimique, similarité/diversité et conception de chimiothèques

Logiciels: Chemaxon Synthesizer, MOE

Contenu: Notion d'espace chimique, approches par similarité/diversité, métriques (Euclidienne, Tanimoto, Manhatan, Max), conception de chimiothèque (MinMax, MaxSum, cherry picking, clustering), chimiothèques combinatoires (génération d'une base de données de composés à partir de bases de données de réactifs), chimiothèques focalisées.

Jour 4

matin et après-midi

Apprentissage automatique

Logiciels: Weka, ISIDA

Contenu: QSAR/QSPR, court résumé historique. Modèles de régression et de classification. Paramètres statistiques. Processus d'obtention et de validation des modèles. Sélection de variables: pas-à-pas et algorithme génétique. Classification: Bayesien naïf, arbres de décision, SVM. Régression: linéaires (MLR, PLS) et non-linéaires (Réseau de neuronnes, SVM). Validation des modèles: validations croisées, brouillage, amorçage. Domaine d'applicabilité des modèles: boîte, z-kNN, etc.

Jour 5

matin

Docking

Logiciels: MOE, FlexX, Omega/Fred

Contenu: Le paradigme du docking (similarité de mode de liaison), recherche conformationnelle, évaluation des poses, score de docking.

Après-midi

Criblage virtuel

Logiciels: ISIDA, MOE

Contenu: Approches utilisées pour le criblage virtuel: filtres, similarité/recherche par pharmacophore, modèles QSAR/QSPR, docking. Choix de modèles "raisonnables" (descripteurs, relations mathématiques, domaine d'applicabilité), stratégies d'ensemble, évaluations risques/coûts.